Lucy là một pháp sư 17 tuổi có thể điều khiển được tinh linh. Cô đã từ bỏ gia đình giàu có của mình để đi gia nhập Fairy Tail, một hội pháp sư rất mạnh ở Fiore, luôn nổi tiếng với việc phá hoại. Trên đường đi, cô gặp gỡ
Natsu Dragneel pháp sư của hội Fairy Tail cùng
Happy, một chú mèo biết bay. Họ đang đi tìm cha nuôi của
Natsu là một con rồng có tên
Igneel đã biến mất bảy năm trước đó. Lucy chẳng may bị bắt cóc bởi một pháp sư giả danh
Salamander (Hỏa Long), một thành viên nổi tiếng của Fairy Tail. Natsu giải cứu Lucy, tiết lộ mình là Salamander thực sự và là một Dragon Slayer, pháp sư với khả năng của rồng. Sau khi đánh bại kẻ giả mạo,
Natsu mời Lucy gia nhập Fairy Tail.
Lucy lập nhóm với
Natsu, Happy cùng pháp sư băng
Gray Fullbuster, và
Erza Scarlet, nữ pháp sư có phép thuật triệu hồi các bộ giáp với vũ khí phép thuật. Họ được giao những nhiệm vụ theo yêu cầu của người dân để thu thập tiền thưởng, chẳng hạn như săn quái vật nhưng không được săn các hội bóng tối (hắc hôi). Ngay sau đó, hội
Phantom Lord tấn công Fairy Tail, dẫn đến một cuộc chiến giữa hai hội. Fairy Tail giành chiến thắng và hai thành viên của Phantom Lord là
Gajeel Redfox, một Dragon Slayer nhận nuôi bởi con rồng Metalicana, và
Juvia Lockser, một pháp sư nước, tham gia Fairy Tail. Cả nhóm cũng va chạm với
Jellal Fernandes, người bạn thời thơ ấu của Erza, đang bị thao túng bởi
Ultear Milkovich để hồi sinh pháp sư bóng tối cổ đại
Zeref, bằng cách sử dụng
Tower of Heaven.
Natsu đánh bại Jellal và Tháp thiên đường bị phá hủy. Sau đó,
Laxus Dreyar, cháu trai nổi loạn của hội trưởng
Makarov Dreyar buộc các thành viên Fairy Tail tham gia một trận chiến sinh tử. Kết quả là Laxus bị trục xuất.
Fairy Tail lập một liên minh với ba hội
Blue Pegasus,
Lamia Scale và
Cait Shelter, chiến đấu và đánh bại hội bóng tối
Oración Seis với sự trợ giúp của Jellal khi anh đã mất trí nhớ.Đồng thời Lucy cũng tìm ra sức mạnh mới của cô "sức mạnh tuyệt đối của các vì sao"-URANO METRIA. Jellal bị bắt ngay sau đó vì những tội ác trước đây của mình.
Wendy Marvell, Dragon Slayer nuôi dạy bởi Grandine, thành viên duy nhất của Cait Shelter gia nhập Fairy Tail cùng với
Carla. Lucy,
Natsu và những người khác lạc vào vũ trụ song song là Edolas khi hội của họ biến mất do tác động sức mạnh của Edolas. Nhóm gặp Faust vua của Edolas, người có ý định tạo ra một nguồn cung cấp phép thuật vô hạn cho vũ trụ này. Happy cũng khám phá ra cậu và Carla là Exceeds được gửi đến Earthland, khi còn là trẻ sơ sinh theo lệnh của nữ hoàng
Chagotte. Liên minh với Exceeds và con trai của Faust là
Mystogan, Fairy Tail đánh bại Faust và phục hồi lại hội của họ với cái giá là sức mạnh phép thuật của Edolas bị biến mất mãi mãi. Cả nhóm trở về Earthland cùng với Exceeds và một trong số họ,
Pantherlily, trở thành cộng sự của Gajeel.
Một thời gian sau, một số thành viên của Fairy Tail, trong đó có
Natsu, Lucy tham gia vào kỳ thi lên pháp sư cấp S(cấp bậc cao nhất của Fairy Tail, cho phép người sở hữu tham gia trong các nhiệm vụ cực kỳ nguy hiểm) trên mảnh đất linh thiêng - đảo Tenrou. Trong kỳ thi, hội bóng tối
Grimoire Heart đứng đầu là Hội trưởng
Hades bất ngờ xuất hiện với mục đích tìm kiếm Zeref - kẻ lúc này đang ở trên đảo. Với sự hỗ trợ của Laxus, Fairy Tail đánh bại Grimoire Heart. Cùng lúc này Zeref giết
Hades, tuy nhiên sự kiện này triệu hồi rồng đen
Acnologia, Acnologia nhanh chóng tấn công đảo. Linh hồn của người sáng lập Fairy Tail,
Mavis Vermilion, đã bảo vệ tất cả mọi người trên đảo trước sự tấn công của Acnologia bằng một phép thuật phòng thủ, đóng băng bọn họ trong thời gian bảy năm.
Bảy năm sau, Fairy Tail bây giờ đã trở thành hội yếu nhất ở Fiore. Với sự trợ giúp của các Hội đồng minh, các thành viên còn lại đã tìm đến đảo Tenrou và đánh thức nhóm Natsu, Fairy Tail chính thức trở lại. Một thời gian sau Fairy Tail tham gia Grand Magic Games, giải đấu hàng năm để quyết định hội mạnh nhất của đất nước. Cùng tham gia vào giải đấu là
Sabertooth, hội mạnh nhất hiện nay với hai Dragon Slayers là
Sting Eucliffe và
Rogue Cheney,
Raven Tail lãnh đạo bởi Ivan, con trai của Makarov và Lamia Scale, Blue Pegasus,
Quatro Cerberusl,
Mermaid Heell. Đồng thời Arcadios, đội trưởng của quân đội hoàng gia đang có kế hoạch mở cổng ma thuật Eclipse bằng cách sử dụng 12 chìa khóa Zodiac (
Hoàng đạo), mục đích đi ngược thời gian và tiêu diệt Zeref trước khi ông ta trở thành một mối đe dọa. Jellal, lúc này đã vượt ngục và lập Hội trung lập
Crime Sorcèrie với Ultear,
Merudy, đang truy tìm nguồn gốc của sức mạnh phép thuật bí ẩn xuất hiện mỗi năm tại dây. Sau khi đánh bại Sabertooth, Fairy Tail chiến thắng Grand Magic Games, trở thành Hộ mạnh nhất Fiore.
Sau khi Grand Magic Games kết thúc, mọi người nhận được tin báo rằng có 1 bầy hàng trăm con rồng đang bay tới tấn công lâu đài. Các pháp sư và lãnh đạo hoàng gia đã quyết định sử dụng cánh cổng Eclipse để tiêu diệt bầy rồng đó, nhưng thực chất cánh cổng đó lại dẫn 7 con rồng từ quá khứ 400 năm trước về hiện tại. Kẻ đã lập nên âm mưu này là Rogue đến từ tương lai. Hắn có ý định sử dụng 7 con rồng đó để đánh bại Acnologia và thống trị thế giới. Song âm mưu đó không thực hiện được vì 7 sát long (Natsu, Gajeel, Wendy, Sting, Rogue, Laxus và Cobra) cùng các pháp sư đã ngăn chặn âm mưu của Rogue tương lai. Trong trận chiến, 1 vài pháp sư đã bị giết. Ultear đã sử dụng thần chú quay ngược thời gian lại 1 phút và đã xoay chuyển tình thế, đổi lại cô ấy đã phải trả cái giá đắt cho 1 phút đó. Khi đang chiến đấu, Natsu đã khiến 1 con rồng lửa là Atlas Flame thoát khỏi bùa chú của Rogue và sát cánh cùng Natsu. Natsu sau đó đã cùng Atlas Flame tấn công Rogue tương lai và phá huỷ cánh cổng Eclipse, khiến cả 7 con rồng quay về quá khứ 400 năm trước. Trước khi chết, Rogue tương lai đã cảnh báo rằng trong tương lai, Frosch - Exceed của Rogue - sẽ bị giết, khiến cho Rogue trở nên xấu xa và giết Sting để sở hữu thuật sát long của Sting, sau đó quay về quá khứ như hiện tại.
